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iPhone短信全部已读但仍然显示数字，可能是因为存在未清除的短信通知或者短信缓存导致的。以下是几种可能的解决方法。
1、检查是否有未清除的短信通知：打开短信应用，查看是否有未打开的短信或通知，如果有，请打开并阅读这些短信，然后查看通知是否已消失。
2、重启设备：有时候设备会出现一些小的错误或缓存问题，重启设备可以清除这些错误和缓存，从而解决短信计数问题。
3、检查短信应用的设置：在短信应用中检查是否有任何设置可能导致计数不准确，检查是否打开了重复通知或通知过滤等设置。
4、清除短信缓存：可以尝试清除短信应用的缓存来解决这个问题，在设备上找到设置，选择通用选项，找到存储空间选项，找到短信应用并清除缓存。
5、恢复默认设置：如果以上方法都不起作用，可以尝试将短信应用的设置恢复到默认设置，这将重置所有短信应用的设置和偏好，包括通知和显示设置。
如果这些方法都不起作用，建议联系苹果官方客服寻求帮助，他们可能能够提供更具体的解决方案或建议。